اولین بار در ماده (16) قانون برنامه ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ﺍﻳﺮﺍﻥ شورای فقهی به عنوان یک نهاد رسمی در بانک مرکزی به شرح ذیل تصویب گردید:
«ماده ۱۶ - برای حصول اطمینان از اجرای صحیح عملیات بانکی بدون ربا در نظام بانکی کشور و جهت نظارت بر عملکرد نظام بانکی و اظهارنظر نسبت به رویه‌ها و ابزارهای رایج، شیوه‌های عملیاتی، دستورالعمل‌ها، بخشنامه‌ها، چهارچوب قراردادها و نحوه اجرای آنها از جهت انطباق با موازین فقه اسلامی، شورای فقهی در بانک مرکزی با ترکیب زیر تشکیل می‌شود:
- پنج فقیه (مجتهد متجزی در حوزه فقه معاملات) صاحب‌نظر در مسائل پولی و بانکی
- رئیس کل (یا معاون نظارتی) بانک مرکزی
- یک نفر حقوقدان آشنا به مسائل پولی و بانکی و یک اقتصاددان (هر دو با معرفی رئیس کل بانک مرکزی)
- یک نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی با اولویت آشنایی با بانکداری اسلامی به انتخاب مجلس شورای اسلامی (به عنوان عضو ناظر)
- یکی از مدیران عامل بانک‌های دولتی به انتخاب وزیر امور اقتصادی و دارایی
تبصره ١ - اعضای فقهی این شورا به پیشنهاد رئیس کل بانک مرکزی و تأیید فقهای شورای نگهبان انتخاب و با حکم رئیس کل بانک مرکزی منصوب می‌شوند.
تبصره ٢ - مصوبات شورای فقهی لازم‌الرعایه است. رئیس کل بانک مرکزی اجرای مصوبات شورا را پیگیری و بر حسن اجرای آنها نظارت می‌کند. حکم این ماده نافی اختیارات و نظرات فقهای شورای نگهبان در اصل چهارم قانون اساسی نمی‌باشد.
تبصره ٣ - اعضای صاحب‌رأی این شورا برای چهار سال تعیین می‌شوند و این مأموریت برای یک دوره دیگر قابل تمدید است.
تبصره ٤ - جلسات شورای فقهی با حضور دو سوم اعضاء مشتمل بر رئیس شورا و حداقل سه نفر از فقهای عضو شورا رسمیت می‌یابد و تصمیمات شورا با رأی موافق اکثریت فقهای حاضر عضو شورا اتخاذ می‌شود.»
با تصویب قانون بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران این نهاد به عنوان یکی از ارکان بانک مرکزی به شرح ذیل ارتقا جایگاه یافت:
ماده 18 قانون بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران
«برای حصول اطمینان از عدم مغایرت تصمیمات بانک مرکزی درباره نوع قرارداد‌های مورد استفاده در عملیات بانکی (سپرده گیری، پرداخت تسهیلات و ایجاد اعتبار) با موازین شرع، شورای فقهی بانک مرکزی با ترتیبات زیر تشکیل می شود:
الف- شورای فقهی متشکل از افراد زیر است:
1- پنج فقیه (مجتهد متجزی در حوزه فقه معاملات و صاحب نظر در مسائل پولی و بانکی)
2- قائم‌مقام رئیس‌کل
3- معاونان تنظیم گری و نظارت و حقوقی رئیس کل
4- یک نفر اقتصاددان متخصص در بانکداری اسلامی به انتخاب رئیس کل
5- یک نفر حقوقدان متخصص در بانکداری اسلامی به انتخاب رئیس کل
6- یک نفر از مدیران عامل بانک‌های کشور به انتخاب وزیر امور اقتصادی و دارایی
اعضای موضوع اجزای (1)، (4) و (5) این بند برای مدت پنج سال منصوب می شوند و انتخاب مجدد آنان بلامانع است. همچنین اعضای موضوع اجزای (3) تا (6) باید واجد شرایط مندرج در جزء (1) بند «ح» ماده (7) این قانون باشند.
تبصره- رئیس کل می تواند هر موقع لازم بداند در جلسه شورای فقهی با حق رای (در موضوعات غیرفقهی) شرکت کند.
ب- حکم اعضای حقیقی شورای فقهی توسط رئیس کل صادر می شود.
پ- فقهای عضو شورای فقهی به پیشنهاد مشترک مدیر حوزه‌های علمیه کشور و رئیس کل به شورای نگهبان معرفی و با تایید اکثریت فقهای آن شورا انتخاب می‌شوند.
ت- رئیس و نایب رئیس شورای فقهی از میان فقهای عضو شورا با رای اکثریتِ اعضا برای مدت دو سال انتخاب می‌شوند.
ث- جلسات شورای فقهی با حضور رئیس یا نایب رئیس شورا و حداقل دو نفر دیگر از فقهای عضو شورا رسمیت می‌یابد. مصوبات فقهیِ شورا با رای موافق سه نفر از فقهای عضو شورا معتبر است و اعضای غیرفقیه در موضوعات فقهی حق‌رای ندارند.
ج- یک نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی با اولویت آشنایی با اقتصاد و بانکداری اسلامی به پیشنهاد کمیسیون اقتصادی و انتخاب مجلس شورای اسلامی به‌عنوان عضو ناظر و بدون حق‌رای در جلسات شورای فقهی شرکت می‌کند.
چ- رئیس کل موظف است تصمیمات مذکور در صدر این ماده را قبل از ابلاغ، به شورای فقهی ارسال و نظر آن شورا را از حیث عدم مغایرت با شرع دریافت کند. همچنین رئیس کل باید اشخاص تحت نظارت را مکلف کند نوع قرارداد‌های مورد استفاده خود برای انجام عملیات بانکی را که سابقاً به تایید شورای فقهی نرسیده، قبل از اجرا به تایید آن شورا برسانند.
فتوای معیار در مصوبات شورا، آرای فقهی، ولی فقیه است و در صورت نبود فتوای، ولی فقیه، به روشی که، ولی فقیه تعیین می‌کنند، عمل می‌شود.
مهلت اظهارنظر شورا در موارد فوق ده روز است. در صورتی که این فرصت برای رسیدگی و اظهارنظر کافی نباشد، مهلت مذکور با اعلام رئیس شورای فقهی ده روز دیگر اضافه می‌شود. مواردی که مطابق این قانون به شورای فقهی ارجاع شده است، پس از اعلام نظر شورا مبنی بر عدم مغایرت با موازین شرعی، یا گذشت مهلت‌های مذکور در این بند، مانعی برای اجرا نخواهد داشت.
ح- مصوبات شورای فقهی به رئیس کل ابلاغ می‌شود و لازم‌الرعایه است.
خ- ایجاد شورای فقهی در بانک مرکزی، نافی وظایف و اختیارات فقهای شورای نگهبان در اصل چهارم (4) قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران نیست.
د- شورای فقهی دارای دبیرخانه‌ای است که با استفاده از نیروی انسانی و امکانات موجود بانک مرکزی ایجاد می شود و دبیر آن از بین افراد آشنا با بانکداری اسلامی به پیشنهاد رئیس شورای فقهی و پس از تایید اکثریت اعضای شورا، با حکم رئیس کل برای مدت دو سال منصوب می‌شود و انتخاب مجدد وی بلامانع است. ساختار دبیرخانه و شرح وظایف آن با پیشنهاد شورای فقهی به تصویب مجمع عمومی می‌رسد و توسط رئیس کل ابلاغ می‌شود.
ذ- چگونگی نظارت فقهی موضوع این ماده، در چارچوب مفاد ماده (18) و ساختار‌های نظارتی بانک مرکزی، توسط دبیر شورا پیشنهاد و پس از تصویب در شورای فقهی، توسط رئیس کل ابلاغ می شود.
ر- بانک مرکزی موظف است مشروح مذاکرات و مصوبات شورای فقهی را بر پایگاه اطلاع رسانی خود قرار داده و برای عموم منتشر نماید. در مواردی که به تشخیص اعضای شورا (اعم از فقیه و غیرفقیه) انتشار عمومی موضوعی مستلزم نقض حریم خصوصی افراد بوده یا واجد ملاحظات امنیتی باشد، آن موضوع قابل انتشار نخواهد بود.»
* نکات توضیحی:
الف- مصوبات شورای فقهی پس از ابلاغ توسط بانک مرکزی اجرایی می‌گردد.
ب- تمامی جلسات شورای فقهی الزاماً به مصوبه منجر نشده و برخی از موضوعات در چند جلسه مورد بحث قرار می‌گیرد.